Tội phạm tham gia chương trình

Trong khi xem số phát sóng ngày 31/07/2008, trinh sát Cục C16 đã phát hiện người chơi Lê Thị Cơ rất giống với người đang bị truy nã tên là Lê Thị Hồng. Trưa 15/12/2008, Lê Thị Hồng đã bị bắt tại TP.HCM sau 12 năm trốn truy nã. Hồng bị phát hiện trên Ai là triệu phú dưới cái tên Lê Thị Cơ. Hồng bị truy nã toàn quốc từ 23/01/1996 về hành vi lạm dụng tín nhiệm chiếm đoạt tài sản. Toàn bộ số tiền kiếm được trong chương trình (10 triệu đồng) đã bị tước.[18]

Clip "Ai là triệu phú" bị cắt ghép gây hiểu lầm

Trong số phát sóng ngày 04/06/2019 xuất hiện câu hỏi: “Đâu không phải tên một nhóm nhạc nữ?” và người chơi – MC Thu Hoài – đã trả lời đúng là “BTS” bên cạnh những đáp án sai là 2NE1, Black Pink, TWICE. Tuy nhiên, điều đáng nói là đoạn video phát sóng phần thi đó đã bị cắt ghép, chỉnh sửa gây hiểu lầm tai hại khi câu hỏi trở thành “Đâu là tên một nhóm nhạc nữ?” còn lời nói của MC Phan Đăng thì bị cắt ghép thành: "BTS là một nhóm nhạc nữ gồm 7 thành viên...".[19] Đoạn video này được chia sẻ rầm rộ trên các diễn đàn và mạng xã hội khiến cộng đồng fan của nhóm nhạc BTS hết sức phẫn nộ và chỉ trích chương trình một cách gay gắt, cho rằng chương trình đang không tôn trọng nhóm nhạc BTS, thậm chí một số ý kiến còn kêu gọi tẩy chay chương trình. Sự việc bị đẩy đi quá xa khiến fanpage chính thức của VTV3 đã phải đăng tải đoạn clip chính thức từ chương trình kèm lời đính chính: ”Video chính thức – chính xác liên quan đến nhóm nhạc BTS trong chương trình Ai là triệu phú ngày 04/06/2019". Sự việc đã phần nào được tháo gỡ, tuy nhiên uy tín của chương trình đã bị lung lay.[20]